- Berufliche Schulen des Unstrut-Hainich-Kreises
- Evangelische Grundschule Mühlhausen
- Evangelisches Schulzentrum Mühlhausen
- Evangelisches Schulzentrum Mühlhausen, Evangelische Regelschule
- Felix-Nabor-Schule Grundschule
- Forstbergschule Mühlhausen Staatliche Grundschule
- Grundschule Mühlhausen-Tairnbach
- Grundschule Rettigheim
- IFBE Bildungszentrum, Berufsbildende Schule, Physiotherapie, Pharmazeut.-techn. Assistent, Logopädie und Diätassistenz
- Johann-August-Röbling-Schule Staatliche Berufsbildende Schule Mühlhausen, für Gesundheit und Soziales
- Kraichgauschule Mühlhausen GHS mit Werkrealschule
- Margaretenschule Mühlhausen Staatliche Grundschule
- Martinischule Mühlhausen Staatliche Grundschule
- Nikolaischule Mühlhausen Staatliche Grundschule
- Pestalozzischule Mühlhausen Staatliches regionales Förderzentrum
- Petrischule Mühlhausen Staatliche Regelschule
- Regelschule am Forstberg Mühlhausen Staatliche Regelschule
- Staatliche Regelschule "Thomas Müntzer" Mühlhausen
- Tilesius-Gymnasium Mühlhausen Staatliches Gymnasium
